COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 3.974708 3.974708 5.111089
2021-05-31 17:00:00 6.024495 6.024495 5.255663
2021-05-30 17:00:00 5.381092 5.381092 5.335158
2021-05-29 17:00:00 4.844236 4.844236 5.388170
2021-05-28 17:00:00 5.163768 5.163768 5.478824
2021-05-27 17:00:00 5.687444 5.687444 5.606709
2021-05-26 17:00:00 5.079672 5.079672 5.707757

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 2.958580 2.958580 4.059709
2021-05-31 17:00:00 4.658385 1.454898 4.184088
2021-05-30 17:00:00 5.263158 5.263158 4.359534
2021-05-29 17:00:00 5.334627 5.334627 4.496854
2021-05-28 17:00:00 4.261645 4.261645 4.686863
2021-05-27 17:00:00 5.079365 5.079365 4.835070
2021-05-26 17:00:00 6.208843 6.208843 4.996941

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 6.382979 6.382979 9.603246
2021-05-31 17:00:00 8.219178 1.595745 10.072853
2021-05-30 17:00:00 7.949791 7.949791 10.422961
2021-05-29 17:00:00 10.747664 10.747664 10.921602
2021-05-28 17:00:00 18.210863 18.210863 11.371790
2021-05-27 17:00:00 13.022113 13.022113 11.680004
2021-05-26 17:00:00 13.121272 13.121272 11.991377

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 4.335091 4.335091 5.523015
2021-05-31 17:00:00 4.726368 4.726368 5.348797
2021-05-30 17:00:00 7.037975 7.037975 5.385258
2021-05-29 17:00:00 5.789990 5.789990 5.412755
2021-05-28 17:00:00 4.502573 4.502573 5.590383
2021-05-27 17:00:00 6.661865 6.661865 5.859078
2021-05-26 17:00:00 6.231003 6.231003 6.038820

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 5.278716 5.278716 5.116701
2021-05-31 17:00:00 9.299280 3.868683 5.129569
2021-05-30 17:00:00 5.404267 5.404267 5.242704
2021-05-29 17:00:00 4.015528 4.015528 5.304283
2021-05-28 17:00:00 6.497752 6.497752 5.393290
2021-05-27 17:00:00 5.692012 5.692012 5.566372
2021-05-26 17:00:00 5.364283 5.364283 5.653649

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 5.535437 10.708743 11.426439
2021-05-31 17:00:00 18.359375 18.359375 11.860349
2021-05-30 17:00:00 11.156782 11.156782 11.922041
2021-05-29 17:00:00 12.556054 12.556054 11.828404
2021-05-28 17:00:00 11.476868 11.476868 12.190432
2021-05-27 17:00:00 12.301216 12.301216 12.603733
2021-05-26 17:00:00 8.665377 8.665377 12.705495

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 1.408451 1.408451 1.850176
2021-05-31 17:00:00 1.709402 0.593032 1.920499
2021-05-30 17:00:00 2.784603 2.784603 1.971219
2021-05-29 17:00:00 3.830645 2.223816 2.029542
2021-05-28 17:00:00 1.474719 1.474719 2.107986
2021-05-27 17:00:00 2.588235 2.588235 2.195557
2021-05-26 17:00:00 2.061856 2.061856 2.290474

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 2.136518 3.303386 3.528259
2021-05-31 17:00:00 6.432599 6.432599 3.549651
2021-05-30 17:00:00 4.256622 4.256622 3.541453
2021-05-29 17:00:00 3.857753 3.857753 3.482713
2021-05-28 17:00:00 2.972484 2.972484 3.462378
2021-05-27 17:00:00 3.579574 3.579574 3.469576
2021-05-26 17:00:00 2.578030 2.578030 3.428151

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 1.314879 1.314879 3.056341
2021-05-31 17:00:00 4.071970 4.071970 3.088138
2021-05-30 17:00:00 2.928571 2.928571 3.104943
2021-05-29 17:00:00 3.687050 3.687050 3.135684
2021-05-28 17:00:00 3.473302 3.473302 3.154637
2021-05-27 17:00:00 2.625938 2.625938 3.274330
2021-05-26 17:00:00 3.741153 3.741153 3.364694

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 3.746140 3.746140 3.849548
2021-05-31 17:00:00 2.346250 1.072647 3.798912
2021-05-30 17:00:00 3.772652 3.772652 3.931099
2021-05-29 17:00:00 4.187209 4.187209 4.064633
2021-05-28 17:00:00 4.531121 4.531121 4.207762
2021-05-27 17:00:00 5.162778 5.162778 4.403968
2021-05-26 17:00:00 5.070809 5.070809 4.577235

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 3.297769 3.297769 6.154768
2021-05-31 17:00:00 11.086475 11.086475 6.018123
2021-05-30 17:00:00 5.339486 5.339486 6.003906
2021-05-29 17:00:00 5.511288 5.511288 6.086497
2021-05-28 17:00:00 6.109134 6.109134 6.320691
2021-05-27 17:00:00 8.195849 8.195849 6.581176
2021-05-26 17:00:00 6.629834 6.629834 6.664911

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 1.626016 1.626016 1.361833
2021-05-31 17:00:00 0.000000 0.000000 1.349876
2021-05-30 17:00:00 1.419878 1.419878 1.346273
2021-05-29 17:00:00 0.537634 0.537634 1.318201
2021-05-28 17:00:00 1.633987 1.633987 1.347288
2021-05-27 17:00:00 2.217742 2.217742 1.342160
2021-05-26 17:00:00 2.008929 2.008929 1.366982

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 1.995012 1.995012 5.888313
2021-05-31 17:00:00 3.666667 3.666667 6.062088
2021-05-30 17:00:00 8.450704 8.450704 6.333970
2021-05-29 17:00:00 4.857820 4.857820 6.342601
2021-05-28 17:00:00 7.324365 7.324365 6.515554
2021-05-27 17:00:00 9.190672 9.190672 6.698000
2021-05-26 17:00:00 8.439898 8.439898 6.970971

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 4.870624 4.870624 3.899626
2021-05-31 17:00:00 6.849315 1.404494 3.842172
2021-05-30 17:00:00 4.204204 4.204204 4.029205
2021-05-29 17:00:00 3.269755 3.269755 3.986304
2021-05-28 17:00:00 4.901961 4.901961 4.007218
2021-05-27 17:00:00 5.221339 5.221339 4.071549
2021-05-26 17:00:00 4.433498 4.433498 4.216185

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 4.249695 4.249695 4.569035
2021-05-31 17:00:00 5.287453 2.562017 4.479415
2021-05-30 17:00:00 6.535764 6.535764 4.630955
2021-05-29 17:00:00 2.903917 2.903917 4.813616
2021-05-28 17:00:00 4.704890 4.704890 5.033014
2021-05-27 17:00:00 5.654649 5.654649 5.271946
2021-05-26 17:00:00 6.258941 6.258941 5.586118

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 7.816804 7.816804 13.068344
2021-05-31 17:00:00 10.357403 10.357403 13.023270
2021-05-30 17:00:00 19.230769 52.029915 13.422675
2021-05-29 17:00:00 22.194719 22.194719 13.762285
2021-05-28 17:00:00 9.157509 9.157509 14.042473
2021-05-27 17:00:00 16.608997 16.608997 14.501042
2021-05-26 17:00:00 9.825871 9.825871 15.093113

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 1.860465 1.860465 1.821250
2021-05-31 17:00:00 2.253521 2.253521 1.842451
2021-05-30 17:00:00 3.397508 3.397508 1.823402
2021-05-29 17:00:00 1.158504 1.158504 1.806010
2021-05-28 17:00:00 2.666667 1.487179 1.843410
2021-05-27 17:00:00 1.590909 1.590909 1.875958
2021-05-26 17:00:00 2.094886 2.094886 1.946454

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 5.802777 5.802777 6.710194
2021-05-31 17:00:00 6.510220 9.462528 6.713888
2021-05-30 17:00:00 8.149883 8.149883 6.732151
2021-05-29 17:00:00 6.973374 6.973374 6.654052
2021-05-28 17:00:00 6.206385 6.206385 6.568039
2021-05-27 17:00:00 6.465226 6.465226 6.475766
2021-05-26 17:00:00 5.207610 5.207610 6.500468

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 3.112155 3.112155 3.550886
2021-05-31 17:00:00 5.666924 2.337043 3.600598
2021-05-30 17:00:00 4.166007 4.166007 3.758667
2021-05-29 17:00:00 3.054834 3.054834 3.871083
2021-05-28 17:00:00 4.101935 4.101935 4.009399
2021-05-27 17:00:00 4.330121 4.330121 4.234625
2021-05-26 17:00:00 4.260238 4.260238 4.381474

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 2.541106 2.541106 5.473325
2021-05-31 17:00:00 3.636364 0.993377 5.353039
2021-05-30 17:00:00 11.977186 11.977186 5.454978
2021-05-29 17:00:00 4.304636 4.304636 5.548583
2021-05-28 17:00:00 10.031847 10.031847 5.682289
2021-05-27 17:00:00 3.980100 3.980100 5.796528
2021-05-26 17:00:00 4.915730 4.915730 5.887310

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 5.797101 5.797101 10.191549
2021-05-31 17:00:00 38.461538 38.461538 9.701939
2021-05-30 17:00:00 11.188811 11.188811 9.512165
2021-05-29 17:00:00 12.865497 12.865497 9.652405
2021-05-28 17:00:00 3.361345 3.361345 9.574087
2021-05-27 17:00:00 8.139535 8.139535 9.664183
2021-05-26 17:00:00 7.964602 7.964602 9.792920

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-06-01 17:00:00 5.541035 5.541035 7.269781
2021-05-31 17:00:00 4.803843 4.803843 7.506036
2021-05-30 17:00:00 7.132668 7.132668 7.596823
2021-05-29 17:00:00 7.197383 7.197383 7.747024
2021-05-28 17:00:00 8.076923 8.076923 7.976187
2021-05-27 17:00:00 8.962963 8.962963 8.202967
2021-05-26 17:00:00 6.052694 9.757031 8.461757

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 2.958580 2.958580 4.059709
Basilicata 6.382979 6.382979 9.603246
Calabria 4.335091 4.335091 5.523015
Campania 5.278716 5.278716 5.116701
Emilia-Romagna 5.535437 10.708743 11.426439
Friuli Venezia Giulia 1.408451 1.408451 1.850176
Lazio 2.136518 3.303386 3.528259
Liguria 1.314879 1.314879 3.056341
Lombardia 3.746140 3.746140 3.849548
Marche 3.297769 3.297769 6.154768
Molise 1.626016 1.626016 1.361833
P.A. Bolzano 1.995012 1.995012 5.888313
P.A. Trento 4.870624 4.870624 3.899626
Piemonte 4.249695 4.249695 4.569035
Puglia 7.816804 7.816804 13.068344
Sardegna 1.860465 1.860465 1.821250
Sicilia 5.802777 5.802777 6.710194
Toscana 3.112155 3.112155 3.550886
Umbria 2.541106 2.541106 5.473325
Valle d'Aosta 5.797101 5.797101 10.191549
Veneto 5.541035 5.541035 7.269781

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Tue Jun 1 18:25:23 2021 revision 310, 89358b43